История начинается после событий предыдущей игры, Mortal Kombat (2011), и продолжается в течение 25 лет после поражения Шао Кана в Земном Царстве. Так как большинство земных защитников погибло, настало время для нового поколения. Шиннок, падший старший бог, освобождается из заключения из Преисподней и пытается захватить Земное Царство с помощью Куан Чи, отряда ревенантов и армии демонов-они. Джонни Кейдж побеждае его в бою, а Рейден заточает Шиннока в его же амулет. 25 лет спустя амулет оказывается в руках у Милины, которая пытается захватить трон Внешнего Мира у нового императора, Коталь Кана. Джонни Кейдж и Соня Блейд организуют специальный отряд, состоящий из их дочери, Кэсси Кейдж, дочери Джакса, Джэки Бриггс, сына Кенши, Такеды Такахаши и младшего кузена Кунг Лао, Кунг Джина, чтобы вернуть амулет. Отряд разбирается с Милиной, но амулет похищает Ди'Вора, которая тайно работает на Куан Чи. Некроманту удаётся выпусть Шиннока на свободу, но его попытка захватить источник жизни Земного Царства, Джинсей, заканчивается поражение от рук Кэсси Кейдж.
