Grandia II имеет уникальную боевую систему. Помимо пошаговой системы боя в реальном времени, как в серии Final Fantasy, игра поддерживает ограниченное движение во время боя. Персонажи могут бегать или ударить противника, а затем отступить. В зависимости от полоски времени, играбельный персонаж или противник может «отменить» движение оппонента. Боевая система использует очки Инициативы, Магии, Здоровья, а также специальные очки. Комбо атаки позволяют персонажу наносить два удара врагу. Число ударов может быть увеличено до четырёх с некоторыми аксессуарами. Комбо атака может наносить дополнительные повреждения, если она попадает во врага в позе атаки. Кроме того, если комбо убивает намеченную цель, не достигнув конечного удара, персонаж будет атаковать ближайшего врага для завершения комбо.
