7 июля 1963 года селевой поток из верховьев реки Иссык (гора Жарсай) разрушил естественную плотину в западной части озера, опустошив водоём. Селевой поток унес около тысячи жизней и стал причиной значительных разрушений в городе Иссык. Селем были снесены пионерские лагеря, дома отдыха, целые улицы и кварталы, засеянные поля. Говорят,что два чабана спустились с гор чтобы предупредить людей о надвигающейся опасности, но их не послушали. А еще говорят, что в то время глава республики Казахстан Кунаев находился в непосредственной близости от трагедии, но буквально за полчаса до ее начала покинул место. Селевой поток дошел до Кульджинского тракта. Река Иссык в результате схода селевого потока изменила русло. Некоторое время на месте Иссыка было небольшое озерцо. Иссыкский сель 1963 года был одним из самых крупных и разрушительных селевых потоков на территории СССР. К началу 1990-х годов завершилось восстановление прорванной селем плотины и устройство водосливных сооружений. В начале XXI века, за 40 лет, объём озера восстановился на 3/4.
