Історія Бакотського Монастиря починається ще з доісторичних часів. Археологічні розкопки на Бакоті підтверджують, що в цих місцях, вздовж берегів Дністра було розташовано чимало язичницьких святилищ та капищ, а також курганів з жіночими похованнями, ритуальні жертовні камені та вівтарі. На місці одного з таких давніх капищ, і стоїть нині скельний монастир. Найстаріші археологічні знахідки у цій місцевості датуються ІІ тисячоліттям до нашої ери. Це дає розуміння, що люди не просто жили тут з давніх давен, а вели активне духовне життя, і цей дух віри і благодаті добре зберігся у прохолоних скронях білих вапняних печер.
