Сюжет Penumbra Overture начинается с того, что некоему другу тридцатилетнего физика Филиппа Лафреска приходит письмо по электронной почте, в котором Лафреск объясняет ему, что с ним случилось и умоляет закончить то, что он начал. В 2000 году Филипп после смерти своей матери получает таинственное письмо от своего отца, который давно ушёл из семьи и к тому моменту считался уже мёртвым. Письмо приводит Филиппа в далёкую Гренландию. Несмотря на сильный холод, герой находит вход в заброшенную шахту, о которой говорилось в письме отца. Когда он спускается в неё, лестница обламывается и в итоге Филиппу ничего не остается, кроме как двигаться вглубь шахты навстречу неизвестности. Спустя некоторое время он находит рацию и начинает принимать сообщения от некоего Рыжего — одного из шахтёров, которому каким-то образом удалось выжить. Очевидно, что Рыжий провел в шахтах много лет, что наложило отпечаток на его психическом здоровье. Рыжий обещает, что когда Филипп найдет его, тот постарается ответить на все вопросы, которые привели героя в Гренландию. Филипп, влекомый любопытством, спускается глубже в шахты, распутывая клубок тайн прошлых и нынешних жителей шахты. Прокладывая путь сквозь шахты, Филипп обнаруживает, что они населены враждебными существами: одичавшими псами (по виду напоминающими ожившие собачьи трупы: горящие жёлтые глаза, гниль и отсутствие шерсти и кожи на некоторых участках тела), гигантскими пауками и червями колоссальных размеров. Из обрывков газет и разбросанных записей Филиппу удается узнать, что некое тайное общество занималось в шахтах изучением аномальных явлений, но из-за какого-то происшествия оно покинуло это место или все его члены были убиты.
