Пока Самус скиталась по планетам, хитропопый космический пират Ридли оклемался от последней взбучки, учинённой в первой части и теперь спешит подгадить героине, стибрив малыша метроида с научной станции. Благо Самус о нём не забыла и спешит проверить, что там так тихо стало у учёных.
