Из-за высокой минерализации воды озера от 20 до 27,5% Атанасово озеро используется для добычи соли традиционным способом, и характерные для водно-болотных угодий местообитания сильно зависят от этой деятельности в том виде, в котором она протекает. Начало этого производства было в 1906 году. Новая дорога из Бургаса в район Сарафово, аэропорт Бургаса и в Варну проходит через озеро по искусственно построенной дамбе . Старая дорога и железнодорожная линия Бургас - Поморие проходят через Атанасовскую косу, параллельно пляжу Бургаса. Дайка делит озеро на две части, соединенные каналами друг с другом и с Черным морем . Соль добывают в обеих частях, но преимущественно в южной части. Соленость воды в озере увеличивается из-за связи озера с Черным морем. Ежегодно производится 40 000 тонн морской соли . В 1980 году северная половина озера была объявлена заповедником . Год спустя южная часть озера и территории, приходящиеся в непосредственной близости от берегов всего озера, были объявлены буферной зоной заповедника. В 1999 году в соответствии с требованиями закона об охраняемых территориях заповедник был переведен в категорию «поддерживаемого заповедника». В 2001 году на берегу южной части озера, рядом с заправкой «Лукойл», был построен и действует «Приют для наблюдения за птицами». В 2003 году утвержден План управления заповедной территорией. В 2007 году бывшая буферная зона была переведена в охраняемую территорию из категории «охраняемая территория». В соответствии с Законом об охраняемых территориях, заповедник охраняется и управляется Региональной инспекцией окружающей среды и воды в Бургасе под контролем МЭВС
