Y-DNA: SNP vs STR (на прикладі гаплогрупи I2a+)

SNP (Single Nucleotide Polymorphism) — це заміна одного нуклеотиду (A, T, C або G) в певній позиції Y-ДНК, яка відрізняє одну гілку на Y-SNP дереві або в певній мірі особу від іншої. STR (Short Tandem Repeat) — короткий тандемний повтор, тобто ділянка Y-ДНК, де короткий мотив (зазвичай 2–6 нуклеотидів, наприклад GATA) повторюється підряд багато разів. Таймкоди: 00:00 Вступ 04:28 FTDNA FAQ "Understanding SNPs" + "Understanding STRs" 07:49 Big Y results Chromosome browser (checker) 11:55 SNP FT8945 приклад молодшої мутації 16:28 STR — короткий тандемний повтор мутацій в Y-хромосомі. 18:41 коротко про тести Family Finder, Y-37, Y-111, Big Y-700 23:50 Зрозуміти як використовується STR можна на сторінці Y-DNA Matches? 25:32 SNP дерево прямих та інших мутація можна побачити на сторінці Y-DNA Haplotree 29:07 SNP Z18755 на YBrowse, SNP - який НЕ мутував в мене 30:58 Інші SNP (variants, synonyms, alternatives, downstream, parallel) 44:37 Коротко про ISOGG.org, YSEQ.net та як користуватись YBrowse.org 54:14 Погляд на SNP в Block Tree та Discover Time Tree 56:17 Big Y matches (STR matches) і приклад STR збіженця, який далекий від мене по SNP 1:01:45 Discover Match Time Tree (там є bug, і я вже зарепортав) 1:04:34 Всі STR-и та їх значення можна побачити на сторінці Y-DNA Standard STR Values 1:07:45 Чому саме корисно додаватись до FTDNA Y-DNA проєктів 1:11:14 Порівняння значень повторів (min, max, mode) в різних STR-ах для моїх найближчих SNP-подібних людей 1:20:14 Детальніше про STR DYS393 (з використанням YBrowse) 1:27:24 Фільтрування STR збіженців по їхніх Y-тестах 1:32:04 Пошук по SNP в "Y-DNA (STR) results" та "Family Finder (autosomal) matches" таблицях 1:36:32 Аналіз STR results на прикладі двох але НЕоднакові STR збіженців (і ще 1 bug по ходу) 1:42:22 Аналіз STR match-ів допомагає краще розуміти географічну близькість 1:44:59 мої польські STR збіги можуть мати інші SNP мутації в майбутньому 1:45:00 Порівняння STR та SNP допомагають мені припускати поширення LUNDA чоловіків 1:49:48 Globetrekker мапа дуже допомагає візуалізувати потенційні міграції чоловіків з подібними мутаціями 1:53:24 Розуміння STR дає глибоке розуміння історії поширення чоловіків на планеті 1:56:39 Outro YBrowse
FAQ "Understanding SNPs"
FAQ "Understanding STRs"
FAQ "Y-STR Results Frequently Asked Questions"
Інші терміни: Мутація (Mutation) — будь-яка зміна в послідовності ДНК. за 2–3 покоління може з’явитися нова мутація, що розділить алелі в прямій Y‑лінії, але це рідко для SNP (частіше для STR). Конвергенція (Convergence) — незалежне виникнення схожих STR у різних гілках. DYS (DNA Y-chromosome Segment) — локус STR на Y-хромосомі. Локус (Locus) — конкретне місце або регіон на хромосомі. Сегмент (Segment) — більша ділянка ДНК, що може містити один або кілька локусів. Позиція (Position) — точне числове місцезнаходження нуклеотиду на хромосомі (bp). Реплікація ДНК (DNA Replication) — процес копіювання ДНК перед поділом клітини. Slippage (ковзання) ДНК‑полімерази (DNA Polymerase Slippage) — помилка реплікації, коли полімераза додає або пропускає повтори в STR, створюючи зміну кількості повторів. Біологічно можна сказати, що повтори STR виникають саме через помилки при реплікації ДНК. Read (зчитування) — це короткий фрагмент послідовності ДНК, який отримують при секвенуванні. У контексті Y-хромосоми: один read — це зазвичай 100–300 пар нуклеотидів, які прочитала машина секвенування; мільйони таких reads потім комп’ютерно вирівнюються до еталонної Y-послідовності (reference Y); якщо певна позиція має в reads іншу букву (наприклад, G замість T), це фіксують як SNP-мутацію; кількість reads, що покривають одну позицію, називають coverage (покриття) — чим більше, тим надійніше визначення. PS :)   / spilnadna     / uagenealogy